L'organo del Santuario della Madonnetta è stato costruito in origine da Lorenzo Roccatagliata nel 1733 e successivamente ricostruito nel 1844 dall'organaro varesino Carlo Giuliani, residente in Genova. Durante questo intervento venne aggiunto un secondo manuale, recuperando però gran parte del materiale dello strumento settecentesco, aprendo quindi la possibilità di eseguirvi il repertorio più recente, che richiedeva un maggior numero di registri di "colore".
Dispone di due tastiere di 52 tasti con prima ottava corta ed estensione Do1-Sol5 con divisione fra Bassi e Soprani al Mi3-Fa3. La pedaliera a leggio dispone di 17 pedali più uno per il Timballone ed è costantemente unita alla tastiera.
I registri sono azionati da manette poste in colonne a sinistra e a destra della tastiera, secondo la seguente disposizione:
II organo (tastiera inferiore) | I organo (tastiera superiore) | |
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Principale basso | Fagotto basso | Principale basso |
Principale soprano | Trombe soprano | Principale soprano |
Ottava basso | Corno Inglese soprano | Principale basso II |
Ottava soprano | Corno di tuba dolce | Principale soprano II |
Quinta decima | Viola [bassi 4'] | Ottava basso |
Decima nona | Ottavino basso | Ottava soprano |
Vigesima seconda e sesta | Flauto in XII basso | Quinta decima |
Flauto allemand soprano | Flauto in XII soprano | Decima nona |
Flauto in XII basso | Cornetto XII [sopr.] | Vigesima seconda |
Flauto in XII soprano | Flagioletto soprani | Vigesima sesta |
Cornetto terza | Cornetto terza | Vigesima nona |
Flauto soprano | Flauto in ottava | Trigesima terza |
Clarone basso | Mano terza | Contrabbassi e ottave |
Oboe soprano |
L'organo è stato restaurato dalla Ditta F.lli Marin di Lumarzo (GE) nel 2012.