L'organo, sistemato sopra l'ingresso principale, è contenuto in una cassa lignea addossata alla parete finemente lavorata con decorazioni floreali in rilievo. Sulla cimasa la scritta "Laudate Deum in voce cordis et organo / anno Domini MDCCCXXVII"; anno in cui l'organo fu montato a Villanova.
Lo strumento proviene dalla chiesa di S. Ambrogio in Milano. Tutte le canne metalliche sono state asportate negli anni '50 (da uno scritto si evince che "i ladri asportarono le canne dell'organo per fonderle e trasformarle in pallini per cartucce", in loco vi sono solo le 24 canne di legno dei Contrabassi. Il prospetto era disposto a cuspide con ali per un totale di 30 canne. La tastiera, con prima ottava corta, conta 52 tasti con estensione Do1-Sol5. I diatonici sono placcati in osso, i cromatici in ebano. La pedaliera, a leggio, ha 17 pedali con prima ottava in sesta, più un comando per la Terza mano.
I registri sono azionati mediante manette a scorrimento orizzontale disposte su due file a destra delle tastiere.
Colonna interna | Colonna esterna |
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Principale in 8 Bassi | Principale 2 soprano |
Principale in 8 Soprani | Ottava bassi |
Fluta soprana | Ottava soprani |
Trombe soprane | Quintadecima (bassi) |
Violoncello (bassi) | Quintadecima (soprani) |
Fagotto bassi | Decima 9a bassi (intera) |
Corno inglese (soprani) | Vigesima 2a |
Flauto in ottava | Vigesima 6a |
Ottavino (soprani) | Vigesima 9a |
Voce Umana | Trigesimaterza |
Terza mano | Trigesimasesta |
Contrabbassi |